ประวัติการค้นพบพระบรมสารีริกธาตุ
จากการบอกเล่าของ พระญาณทีปาจารย์ (พ้อง เขมจารี)
เนื่องจากพระมหาเจดีย์ ทรุดโทรมลงมากจากสาเหตุหลายประการ ทางกรมศาสนาจึงตั้งงบประมาณเพื่อบูรณะ ปฏิสังขรณ์ พระมหาเจดีย์ในปี พ.ศ. ๒๔๙๕ และในขณะทำการบูรณะ ปฏิสังขรณ์นั้น พบพระพุทธรูปมีค่ามากมาย เช่น พระขุนไกร พระทองคำ พระยกเสี่ยงทาย เป็นต้น ครั้นเมื่อเตรียมจะบูรณะองค์พระมหาเจดีย์ พบว่ามีรอยเจาะแตกที่คอระฆังแต่ไม่ลึกนัก ท่านเจ้าคุณพระเขมาภิมุขธรรม(เกตุ เกสโร) เจ้าอาวาสจึงสั่งให้เจาะตรวจสอบว่าจะมีของมีค่าหรือไม่ พบว่าภายในพระมหาเจดีย์ ได้บรรจุพระเจดีย์หินอ่อนสูงประมาณ ๑ ฟุต มีต้นไม้เงิน ๒ ต้น ต้นไม้ทอง ๒ ต้น วางอยู่ ๔ ทิศ มีพระทองคำ ๔ ปาง จำนวน ๔ องค์ วางอยู่ระหว่าง ต้นไม้เงิน ต้นไม้ทอง
จากนั้น หลวงปู่เกตุ ได้กราบทูลสมเด็จพระสังฆราช กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ (ม.ร.ว. ชื่น นพวงศ์) วัดบวรนิเวศวิหาร ให้ทรงทราบ พระองค์ท่านรับสั่งให้หลวงปู่เกตุ เชิญอธิบดีกรมการศาสนา และอธิบดีกรมศิลปากร มาประชุมในพระอุโบสถวัดเขมาภิรตาราม โดยมีพระองค์ท่านเป็นประธาน เมื่อถึงวันนัดหมาย กรมศิลปากรก็นำอุปกรณ์ และน้ำยาเคมี สำหรับทดลอง และเปิดเจดีย์หินอ่อน เมื่อเปิดเจดีย์หินอ่อนออกแล้ว จะพบปลอกนาค คล้ายปลอกกระสุน ภายในปลอกนาคมีปลอกเงิน ภายในปลอกเงินมีปลอกทอง ภายในปลอกทองพบผ้าเยียรบับทอง เมื่อคลีผ้าออกจะพบสำลี ภายในสำลี พบพระบรมสารีริกธาตุ ๓ พระองค์, มีเพชร นิล จินดา อีก ๕ เม็ด (พบหลักฐานว่า บรรจุครั้งแรกเมื่อ ๒๖ ตุลาคม พ.ศ. ๒๓๙๗ สมัยรัชกาลที่ ๔)
พระบรมสารีริกธาตุ เป็นลักษณะเมล็ดข้าวสารหัก โดยกรมศิลปากรก็ทำการทดลองตามหลักการของโบราณคดี ต่อจากนั้นสมเด็จพระสังฆราชรับสั่งว่า คนโบราณเขามีวิธีการทดลอง โดยให้กรมศิลปากรเอาขันสาครใหญ่ใส่น้ำเต็ม แล้วพระองค์ท่านตั้งสัจจยาธิษฐานนำพระบรมสารีริกธาตุสรงน้ำ อธิษฐานให้จมน้ำก็จม ให้ลอยน้ำก็ลอย ให้แยกออกจากกันก็แยก ให้รวมกันก็รวม พระองค์รับรองว่าเป็น พระบรมสารีริกธาตุแท้ของพระพุทธเจ้า ทรงรับสั่งว่า "พระธาตุมี 2 ชนิด ถ้าเป็นของพระพุทธเจ้าเรียกว่า “พระบรมสารีริกธาตุ” ถ้าเป็นของพระสาวกเรียกว่า “พระธาตุ” ซึ่งทางวัดได้เก็บน้ำที่สรงพระบรมสารีริกธาตุไว้เป็นน้ำมนต์ในพระอุโบสถตลอดมา กรมศิลปากรอัญเชิญลงในเจดีย์จำลองขยาย เพื่อให้ประชาชนได้มีโอกาสนมัสการ และเข้าชมในพระอุโบสถ ในระหว่างรอการซ่อมพระเจดีย์ เพื่อจะได้บรรจุต่อไป ในระหว่างที่ให้ประชาชนได้นมัสการ และชมอยู่ในพระอุโบสถนั้น ประชาชนที่ทราบข่าว ต่างเดินทางกันมาอย่างมืดฟ้ามัวดิน เมื่อถึงกำหนดวันบรรจุ ก็ต้องเลื่อนถึง ๓ ครั้ง เพราะประชาชนร้องขอ
คณะกรรมการส่วนใหญ่เสนอความเห็นว่าให้มีการบรรจุ แต่ทำที่ปิดเปิดได้ คือพอถึงปีมีงานนมัสการพระบรมสารีริกธาตุ ก็ให้เปิดออกแล้วนำลงมาให้ประชาชนชม เสร็จงานก็อัญเชิญกลับเข้าไปบรรจุใหม่ แต่ก็ได้รับการคัดค้านจากสมเด็จพระสังฆราช กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ โดยพระองค์ท่านให้เหตุผลว่า พระบรมสารีริกธาตุเป็นของหาค่ามิได้ และที่เกิดขึ้นนี้ เพราะบารมีของพระมหากษัตริย์ หากเกิดสูญหายไปจะถูกสาปแช่ง พวกเราอย่าไปเล่นกับไฟเลย คนต่อไปข้างหน้าอย่าว่าแต่จะหาพระบรมสารีริกธาตุมาบรรจุเลย แม้แต่จะหาทุนสร้างพระมหาเจดีย์ราคาหลายสิบล้านก็ไม่มีศรัทธาหา ที่มีอยู่แล้วก็เพราะบารมีของพระมหากษัตริย์
พระองค์ท่านรับสั่งต่อไปว่า พระธาตุภูเขาทอง, พระธาตุนครปฐม, พระธาตุนครศรีธรรมราช, พระธาตุนครพนม ที่เชื่อกันว่าเป็นพระบรมสารีริกธาตุของพระพุทธเจ้า แล้วใครเคยเห็น เราไปนมัสการกันนั้นเราก็ไม่เคยเห็น แต่บารมีของพระมหากษัตริย์ในอดีตท่านสร้าง ท่านบรรจุรักษานำสืบต่อกันมา ต้องบรรจุเข้าไว้อย่างเดิม แล้วจัดงานประจำปีขึ้นเช่นอย่างสถานที่อื่นๆ เขาจัดกัน จะได้มีทุนบำรุงพัฒนาวัดต่อไป
พระองค์ท่านตรัสต่อไปอีกว่า วัดเขมาฯ โชคดี พระมหาเจดีย์ถูกภัยสงครามโลก และท่านจอมพล ป. พิบูลสงคราม จัดการซ่อม จึงได้นำพระบรมสารีริกธาตุมาให้คนได้ชมกัน หากไม่มีการซ่อมพระมหาเจดีย์ อยู่เฉยๆ ใครจะไปเจาะเอาพระบรมสารีริกธาตุ ลงมาให้คนชมกันนั้น ไม่มีที่ไหนเขาทำกัน
ครั้นบูรณะพระเจดีย์เป็นที่เรียบร้อยแล้ว จึงทำการบรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้ภายใน เมื่อ ๑๑ มกราคม พ.ศ. ๒๔๙๖ ทางวัดก็จัดงานนมัสการฯประจำปีทุกปี แต่เมื่อก่อนกำหนดงานไม่แน่นอน จนในสมัยท่านเจ้าคุณพระเทพญาณกวี (จับ อุคฺคเสโน) ท่านกำหนดว่า จะต้องจัดงานก่อนวันมาฆบูชา จะกี่วันก็ตาม แต่ในวันมาฆบูชาถือว่าเป็นวันสุดท้าย แล้วก็จัดอย่างนั้นเรื่อยมาจนถึงปัจจุบันนี้